Këshilli i administrimit është organ kolegjial vendimarrës, që mbikëqyr e kontrollon veprimtaritë e USH-së, që lidhen me menaxhimin administrativ, financiar, ekonomik dhe të pronave të tij. Është hera e parë që krijohet në universtetet shqiptare. Disa nga funksionet kryesore janë : miratimi i kritereve për ndarjen e burimeve financiare, miratimi i projekt - buxhetit, vlerësimi i efikasitetit të përdorimit të fondeve nga buxheti i shtetit ose i burimeve të tjera të ligjshme dhe publikimi i rezultateve të vlerësimit, miratimi i raportit vjetor financiar të paraqitur nga Rektorati, miratimi i strukturës dhe i numrit të personelit të USH-së për të gjitha nivelet, informimi i Senatit akademik për situatën financiare dhe projektet përkatëse për të gjithë Universitetin etj. Anëtarësia në Këshillin e administrimit është e papajtueshme me detyrën e anëtarit të Senatit akademik, të zëvendësrektorit, të dekanit. Këshilli i Administrimit të USH përbëhet nga 13 anëtarë si më poshtë :  

1.	Dr.	Drita	KRUJA	F.Ekonomik	- Kryetare
2.	Prof.dr.	Mahir	HOTI	F.SH.Shoqërore	- Anëtar
3.	Dr.	Edlira	BUSHATI	F.Gj.Huaja	- Anëtare
4.	Prof. Asociuar	Rrok	SMAJLAJ	F.SH.Natyres	- Anëtar
5.	Dr.	Ilir	BERHANI	F.Drejtesise	- Anëtar
6.	Dr.	Mehdi	KRONI	F.SH.Edukimit	- Anëtar
7.	Prof. Asociuar	Gjovalin	KOLOMBI	Qarku Shkoder	- Anëtar
8.	Prof.dr.	Bardhyl	MUSAI	KALSH	- Anëtar
9.	z.	Lorenc	LUKA	Bashkia Shkodër	- Anëtar
10.	znj.	Atrida	FERKETI	DAR Shkoder	- Anëtare
11.	znj.	Rosalba	MERDANI	MASH	- Anëtare
12.	znj.	Adriana	DELLI	MASH	- Anëtare
13.	zjsh.	Kristi	KOLA	Studente F.Drejtësisë	- Anëtare