Universiteti i Shkodrës "Luigj Gurakuqi" ka siguruar lidhje të ngushta bashkëpunimi me universitete të vendeve të huaja, me institucione, me fondacione dhe me shoqata e organizata të ndryshme. Në këtë kuadër, ai ka nënshkruar një seri marrëveshjesh, akordesh dhe protokolle bashkëpunimi në fusha me interes të përbashkët. USH ka nënshkruar marrëveshje bashkëpunimi me :

• Libera Facolta di Scienze Turistiche, Itali 27.05.2010
• Metropolitan State college of Denver 03.05.2010
  
• Universitetin e Beogradit (Serbi) 19.03.2010
  
• Universitetin e Petrosanit (Romani) 11.06.2009
• Universitetin e Gaziantiep (Republika Turke) 08.05.2009
• Universiteti i Saint - Etienit (Francë) 21.10.2008
• Universitetin "Karl Franzens" të Gracit - 1993, marrëveshja ripërtërihet më 16 Qershor 2008.
• Universitetin e Klagenfurtit (Austri) - 1998 - Kjo marrëveshje është rinovuar me 25.09.2009
• Sandhills Comunity College në Karolinën e Veriut (SHBA) - marrëveshja e nënshkruar më 25 maj 2008
• Universitetin e Firences (Itali) - 2002 , marrëveshja ripërtërihet më 7 nëntor 2007.
• Universitetin e Parmës (Itali) - 2007.
  
• Universitetit të Sarajevës (Bosnje - Hercegovinë) - 2007.
• Universitetin e Pizës (Itali) - 2006.
• Universitetit të Peçit (Hungari) - 2006. 
• Universitetin e Prishtinës (Kosovë) - 2005.
• Universitetin e Podgoricës (Mali i Zi) - 2004.
• Universitetin e Bolonjës (Itali) - 1994.

Universiteti i Shkodrës ka marrëdhënie bashkëpunimi edhe me Universitete të tjera, si :       Universitetin e Kozences (Itali), Universitetin e Tetovës (Maqedoni),  etj. me të cilët synon të nënshkruajë marrëveshje bashkëpunimi. Ky bashkëpunim midis Universitetit të Shkodrës dhe Universiteteve apo institucioneve të huaja homologe mbështetet në disa drejtime, ku më kryesoret janë : mobilitet të stafit akademik për shkëmbim experience, dokumentacioni e literature (sidomos në kuadrin e implementimit të Procesit të Bolonjës), organizim të aktiviteteve të përbashkëta, mbështetje në kualifikimin e stafit akademik, hartim dhe zbatim të projekteve të përbashkëta, organizim të konferencave apo aktiviteteve të përbashkëta shkencore, mobilitet të studentëve etj. E një rëndësie po kaq të madhe është edhe pjesëmarrja e USH në projekte dypalëshe apo shumëpalëshe. Kështu Universiteti i Shkodrës gjatë këtyre viteve të fundit ka qenë apo vazhdon të jetë pjesëmarrës në disa projekte, ku më kryesorët përmendim :       1. Projekti Erasmus Mundus External Cooperation me titull "BASILEUS" i cili është në vazhdim dhe ka mundësuar mobilitetin e stafit akademik dhe të shume studentëve. Ky projekt koordinohet nga Universiteti i Gent-it, Belgjikë.
    2. Projektin "Progetto Albania" (1995 - 2005). Ky projekt u drejtua dhe u financua nga Rajoni i Toskanës (Itali) me pjesëmarrjen e Universitetit të Firences, MURST, FORMEZ, INDIRE, UNOPS- PASSARP, MAE. Projekti synonte të shfrytëzonte bashkëpunimin ndëruniversitar si një model kompleks bashkëpunimi ndërinstitucional për zhvillimin lokal.
    3. Projekti Tempus IB JEP - 17018 - 2002 "Public Administration and Management in Shkoder" (PAMS) i aprovuar dhe i financuar në 2002. Qëllimi ishte ndërtimi institucional (Institution Building) dhe kishte dy drejtime themelore : a. Aktivizimin e një kurrikule universitare brenda Fakultetit Juridik me qëllim formimin e docentëve dhe punonjësve apo drejtuesve të administratës publike. b. Krijimi i një Qendre trainimi (Training Center) për formimin dhe azhornimin e punonjësve apo drejtuesve të administratës publike.
    4. Projekti Tempus JEP - 15054 2000 "Modeli i gjyqtarit europian", që zgjati dy vjet 2000 - 2002 dhe kishte si qëllim trajnimin e gjyqtarëve. Në këtë kurs u trainuan 30 gjyqtarë nga Shqipëria, Bosnje-Hercegovina dhe Maqedonia.
    5. Që në vitin 2004 Shkolla e Lartë Pedagogjike e Soloturn (Zvicër) është angazhuar në një projekt - partneritet me Universitetin e Shkodrës (Fakultetin e Shkencave të Edukimit, veçanërisht për degën e ciklit të ulët dhe atë të ciklit parashkollor). Projekti ka si synim shkëmbimin e përvojave reciproke mbi formimin arsimor, kryesisht në arsimin parashkollor e atë shkollor (fillor). E rëndësishme është se në këtë projekt janë angazhuar direkt edhe studentët.
    6. Konferenca e Rektorëve Gjermanë dhe Universiteti i Heilderbergut financuan projektin "Studimi i ekosistemit të Liqenit të Shkodrës". Ky projekt ka një natyrë të mirëfilltë shkecore në fushën e mjedisit dhe realizohet përmes bashkëpunimit ndërmjet Universitetit të Shkodrës, Universitetit të Gracit, Universitetit të Podgoricës dhe Universitetit të Heilderbergut (Gjermani).
    7. Universiteti i Shkodrës, pas aplikimeve të bëra në rrjetet CEEPUS, që në vitin 2005 e në vazhdim është anëtarësuar në dy rrjete : Fakulteti i Shkencave Shoqërore : - CII-RO-0014-02-0607 - Ro 130/ Borders and Borderlines in Cultural Anthropology in the university education. - CII-CZ-0029-02-0607 - Idea of Europe in European Culture, History and Politic. Fakulteti Ekonomik : - CII-At-0068-02-0607 - Amadeus Kontribut të rëndësishëm kanë dhënë edhe Fondacioni SOROS (me bursa dhe asistencë teknike e financiare), DAAD-i, programi TEMPUS, Fondacioni "Madonnina del Grappa" i Firences (për krijimin e Qendrës së Shtypshkrimit të Universitetit, hapjen e degës së Fizioterapisë e në shumë drejtime të tjera) etj.